Liderança

Apesar da identidade do Líder da Akatsuki já ter sido revelada, ainda é um mistério, quem seria o verdadeiro comandante dessa organização, pois Pein e Uchiha Madara parecem possuir uma certa relação de sociedade, e de temor um para com o outro, onde as decisões são tomadas em reuniões.Portanto Pein é o líder declarado, e eleito, da organização, mas não toma as decisões individualmente. Porém não se sabia qual a verdadeira identidade de Pein, sendo que todos os seus seis corpos eram controlados por alguém que se oculta nas sombras. Mas revelou-se que ele é Nagato, um antigo discípulo de Jiraiya, detentor do Rinnegan, o mais poderoso dos 3 veneráveis Doujutsus. Ele controla os corpos através de transmissores de chakra, que são piercings espalhados pelos corpos. Porém, com a morte de Pein, Madara assumiu a liderança total sobre a Akatsuki.